Kabupaten Maluku Tenggara merupakan daerah kepulauan, dengan demikian ketersediaan fasilitas perhubungan laut yang menghubungkan tiap pulau patut untuk diperhatikan. Sebelum Kabupaten Maluku Tenggara dimekarkan, kabupaten ini memiliki satu pelabuhan yang khusus untuk menangani perpindahan barang (bongkat-muat) dan perpindahan orang (penumpang) dalam skala besar, yakni Pelabuhan Tual. Namun, setelah dimekarkan, Kota Tual menjadi daerah otonom yang terpisah dari Kabupaten Maluku Tenggara.

Terdapat tiga Kapal Motor (KM) dari PT PELNI (Pelayaran Nasional Indonesia) yang dapat digunakan dari dan ke Kota Tual – Kabupaten Maluku Tenggara, yakni KM. Kelimutu, KM. Tidar, dan KM Tatamailau. Rute pelayaran dari tiap kapal, yaitu :

  • Kelimutu melayani rute Jakarta – Surabaya – Ambon – Tual – Fak fak – Tual, beroperasi sekali dalam dua minggu
  • Tidar melayani rute Jakarta – Surabaya – Ambon – Tual – Sorong – Fak fak – Tual, beroperasi sekali dalam dua minggu
  • Tatamailau melayani rute : Merauke, Agats, Timika, Tual, Kaimana, Fakfak, Sorong, Babang (Bacan), Bitung, Morotai. Selain itu, terdapat juga kapal feri, kapal cepat, maupun kapal kayu yang melayani rute Pulau Kei Besar, Pulau Aru, Pulau Tanimbar Kei, dan lainnya.